Der Issyk-Kul See ist 6’236 km2 gross und damit mehr als doppelt so gross wie Luxemburg. An seiner grössten Ausdehnung ist er 178 km lang und 60 km breit. Durchschnittlich ist er 278 m tief, mit einer maximalen Tiefe von 668 m und hat damit ein fast doppelt so grosses Wasservolumen im Vergleich zum flächenmässig grösseren Titicacasee.
Insgesamt gibt es 118 Zuflüsse, jedoch keinen Abfluss. Der See ist somit endorheisch. Allerdings gehen einige Forscher davon aus, dass der Chu Fluss, welcher durch das nördliche Kirgistan und südliche Kasachstan fliesst, durch ein unterirdisches System vom Issyk-Kul gespiesen wird.
Der Legende nach existiere vor langer Zeit an der Stelle des Sees ein Königreich. Durch eine Laune der Natur wurde der König mit Eselsohren geboren. Dies war ihm derart peinlich, dass er die Ohren unter einer Mütze verbarg. Jeden Barbier liess er nach getaner Arbeit umbringen, um sein Geheimnis zu bewahren. Einem Barbier gelang es jedoch, vor seinem Tod das Geheimnis in einen Brunnen zu rufen. Daraufhin begann das Wasser im Brunnen zu steigen und stieg immer weiter, bis das ganze Königreich überschwemmt war. Eine andere Legende spricht davon, dass es auf dem Grund des Sees mindestens vier versunkene Städte geben soll.
Archäologische Ausgrabungen zeigen in der Tat, dass es am Grund des Sees mindestens eine Siedlung einer fortschrittlichen Zivilisation gab. Die Siedlung soll 2’500 Jahre alt sein und sich über mehrere Quadratkilometer erstreckt haben. Diese musste durch das den Anstieg des Wasserspiegels aufgegeben worden sein; dieser soll seit dem Mittelalter um mindestens acht Meter gestiegen sein. Momentan sinkt allerdings der Wasserspiegel wieder um durchschnittlich etwa 5 cm pro Jahr.
Trotz seiner Lage im Tien Shan-Gebirge und Temperaturen von -20 Grad im Winter friert der See nicht zu. Dies hat einerseits mit der Strömung zu tun, welche Oberflächenwasser und wärmeres Tiefenwasser relativ rasch durchmischt. Andererseits ist der Salzgehalt für eine Süsswassersee relativ hoch, was die Gefrierung zusätzlich erschwert. Auf dem Grund des Sees soll es zudem warme Quellen geben.
Seit der Sowjetzeit wird der See touristisch genutzt. Davon zeugen eine Anzahl von Sanatorien und Ferienhäuser, welche sich vor allem am Nordufer befinden. In jüngster Zeit wurden einige neue Hotels eröffnet, welche westlichem Standard entsprechen. Der See wird von vielen kirgisischen Touristen besucht. Daneben stammen die Touristen hauptsächlich aus Kasachstan, Usbekistan und Russland.
Im Jahre 1948 wurde der Issyk-Kul zum ersten Naturschutzgebiet Kirgistans. Seit 2000 steht der See zudem auf der UNESCO Liste der Biosphärenreservate. Die Fischfauna besteht vor allem aus Fischen aus der Familie der Karpfen. In den 1970er Jahren wurde die Sevan Forelle, welche ursprünglich aus dem Sevan See in Armenien stammt und dort aus gefährdet gilt, erfolgreich ausgesetzt. Allerdings gelten durch Überfischung unter anderem vier endemische Arten als gefährdet.
Flugverbindungen: In Tamchy, am Nordufer des Sees, befindet sich der Issyk-Kul International Airport. Der Flughafen wird aber nur saisonal bedient und bietet im Sommer Flüge nach Usbekistan, Kasachstan und Russland. Die meisten Touristen reisen entweder über Bischkek oder über das kasachische Almaty an.
Zugverbindungen: Die Stadt Balyktschy ganz im Westen des Issyk-Kul Sees hat einen Bahnhof mit Verbindungen in die Hauptstadt Bischkek und von dort weiter nach Kasachstan und Russland.