Mit dem Wiederaufbau begann man zu Beginn des 19. Jahrhunderts und baute die Festung in eine Art Stadt innerhalb der Stadt um. In der Zitadelle befanden sich neben der Residenz des Khans auch seine Moschee, das oberste Gericht, einen repräsentativen Empfangsbereich, die Münzstätte, das Harem sowie ein Arsenal und Pferdeställe. Zugang zur Festung hatten nur die Familie des Khans, weiter Adlige, Beamte des Reiches sowie Wachleute und Bedienstete.
Das ganze Gelände umfasst eine Fläche von etwa 1.2 Hektaren und ist von hohen Mauern umgeben, denen man nicht auf den ersten Blick ansieht, dass sie einen Palast verbergen. Es gibt nur ein Zugangstor, welches von zwei Wachtürmen flankiert wird. Das Innere der Festung ist in verschiedene Zonen unterteilt, welche jeweils eine separate Funktion erfüllen. Die Gebäude sind dabei in der Regel um Innenhöfe angelegt. Erwähnenswert sind die folgenden Bereiche:
Kurinysh Khona
Der Empfangsbereich des Khans liegt im Zentrum der Anlage und wurde in den Jahren 1804 bis 1806 angelegt. Herzstück bildet ein Innenhof, an dessen südlichem Ende sich ein Iwan (ein überdachter, auf eine Seite hin geöffneter Raum) befindet. Direkt dahinter befindet sich der eigentliche Thronraum, welcher durch eine mit Ornamenten dekorierte Türe betreten werden kann und mit Stuckarbeiten und Malereien dekoriert ist. Die Muster sind relativ unruhig gehalten. Der Legende nach sollte dies verhindern, dass der Khan bei langen Gerichtsverhandlungen, welche ebenfalls in diesem Saal stattfanden, einschlief. Der Thronsaal wurde hauptsächlich im Winter genutzt: Im Sommer fanden die Empfänge im Innenhof statt, wo sich auch eine separate Empore für eine Jurte befindet; eine Hommage an die nomadische Vergangenheit des usbekischen Volkes. Der Thron des Khans, der aus Holz geschaffen und mit feinem Blattsilber bedeckt ist, wurde nach der Eroberung durch das zaristische Russland nach St. Petersburg geschafft, wo er heute in der Ermitage aufbewahrt wird.
Sommermoschee
Die Sommermoschee, welche im Jahre 1838 erbaut wurde, liegt direkt nach dem Eingangstor auf der rechten Seite. Es handelt sich dabei um einen Innenhof, welcher nach Süden hin von einem Iwan abgeschlossen wird. Dieser ist mit blauer Majolika geschmückt und hat eine Fläche von ca. 13 auf 7.5 Meter. Das Dach wird von sechs Säulen gestützt und ist in Rot-, Gelb- und Orangetönen geschmückt. Ein kleiner Mihrab weist die Richtung nach Mekka. In der nordöstlichen Ecke des Hofes liegt die ehemalige Münzstätte. Ursprünglich wurden dort Münzen geprägt, doch gegen Ende des 19. Jahrhunderts wurden Geldscheine eingeführt. Diese waren aber nicht auf Papier, sondern auf Stoff gedruckt und konnten gewaschen werden. Der Ausdruck «Geld waschen» hatte somit zu Zeiten des Chiwa Khanats noch eine andere Bedeutung als heute.
Harem
Der Harem nimmt etwa ein Drittel der gesamten Fläche der Festung ein und war dem Khan und seiner Familie vorbehalten. Die ein- bis zweistöckigen Gebäude standen ursprünglich dichter gebaut als in anderen Teilen der Zitadelle, sind aber heute grösstenteils zerstört und stehen deshalb Besuchern nicht offen.
Ak Scheich Bobo Turm
Der Ak Scheich Bobo Turm ist das höchste Gebäude innerhalb der Festung und ist an deren westlicher Seite direkt in die alte Stadtmauer integriert. Wer sich die Mühe macht und die Stufen auf den Turm hochsteigt, wird mit einer fantastischen Aussicht über Chiwa belohnt. Da man vom Turm auch problemlos in die Innenhöfe des Harems blicken kann, wird angenommen, dass nur eine Handvoll besonders vertrauenswürdige Wachleute den Turm betreten durften.
Der südliche Teil der Anlage liegt grösstenteils brach. Es ist unklar, welche Gebäude ursprünglich in diesem Teil der Festung standen und welche Funktion sie hatten.