Он был сторонником простоты и отвергал показную набожность. Главное отличие суфийского ордена Накшбандия — это скрытый (или тихий) зикр (медитативная практика в суфизме). Особую популярность в те годы составлял громкий зикр.
Со временем приверженцами его учения, в том числе становятся и правители Бухары. Более того шейхи (духовный наставник и руководитель суфийской общины) этого суфийского братства становятся духовными советниками правителей.
Бахауддин Накшбанди был захоронен в своем селении. Со временем вокруг могилы образовался целый архитектурный комплекс, который состоит собственно из могилы святого, ханаки, двух мечетей, медресе и некрополя. Первое архитектурное здание ханака (приют для паломников) было построено по указу правителя 16 века Абдуллахана II.
Суфийское братство Бахауддина Накшбанди становится известным не только на территории современного Узбекистана, но и распространяется за его пределы. По сей день, очень много последователей его учения. Особенно оно известно в Турции, Пакистане, Малайзии, Индонезии, Сингапуре и других странах.
Таким образом, комплекс Бахауддина Накшбанди становится святым местом и центром суфизма. Здесь очень многолюдно особенно в утреннее время по выходным. Очень много граждан Узбекистана, а также последователи этого учения специально приезжают в Бухару, чтобы посетить это святое место.