Реконструкция началась в начале 19 века, и крепость была превращена в своеобразный город внутри города. В цитадели находились резиденция хана, мечеть, верховный двор, зал приемов, монетный двор, гарем, арсенал и конюшня. В крепость имели доступ только ханская семья, дворяне, чиновники ханства, гвардейцы и слуги.
Вся территория занимает площадь около 1,2 га и окружена высокими стенами, которые с первого взгляда не раскрывают дворца. Есть только одни входные ворота, к которым примыкают две сторожевые башни. Внутренняя часть крепости разделена на разные зоны, каждая из которых выполняет свою функцию. Здания обычно располагаются вокруг внутренних дворов. Заслуживают внимания следующие зоны Куня Арка:
Куриныш Хона
Куриныш хона или приемная хана находится в центре комплекса и была построена между 1804 и 1806 годами. Приемная имеет внутренний двор, в южном конце которого находится айван (в исламской архитектуре обозначает сводчатое помещение, с трех сторон обнесённое стеной и открытое с четвёртой стороны). Сразу при нем находится настоящий тронный зал, в который можно войти через дверь, украшенную орнаментом, стены которого украшены лепными украшениями, а потолок — росписью. Узоры раскрашены относительно ярко. Согласно легенде, это было сделано для того, чтобы не дать хану заснуть во время длительных судебных разбирательств, которые также проходили в этой комнате. Тронный зал использовался в основном зимой. В летний период приемы проводились во дворе, где была установлена юрта — дань кочевому прошлому узбекского народа. Трон хана, сделанный из дерева и покрытый тонкими серебряными листьями, был увезен в Петербург после завоевания Хивинского ханства царской Россией, который сейчас хранится в Эрмитаже.
Летняя мечеть
Летняя мечеть, построенная в 1838 году, находится справа, сразу после входа в Куня Арк. Она имеет внутренний двор, который на юге закрыт айваном. Мечеть украшена голубой майоликой и имеет площадь около 13 на 7,5 метров. Крыша поддерживается шестью колоннами и декорирована в оттенках красного, желтого и оранжевого цветов. Небольшой михраб (ниша в стене) указывает направление в Мекку. В северо-восточном углу двора находится бывший монетный двор. Первоначально там чеканились монеты, но банкноты были введены в оборот в конце 19 века. Однако они были напечатаны не на бумаге, а на ткани, и их можно было стирать. Таким образом, во времена Хивинского ханства выражение «отмывание денег» имело иной смысл, чем сегодня.
Гарем
Гарем занимает около трети общей площади крепости, и предназначался хану и его семье. Первоначально там располагалось двухэтажное здание с множеством комнат, но сейчас они в значительной степени разрушены и поэтому закрыты для посетителей.
Башня Ак Шейх Бобо
Башня Ак Шейх Бобо является самым высоким зданием в крепости и встроена с западной стороны прямо в городскую стену. Тот, кто решит подняться по ступенькам на вершину башни, будет вознагражден фантастическим видом на Хиву. Так как с башни можно было без проблем заглядывать и во внутренние дворы гарема, предполагается, что на башню допускались лишь несколько особо надежных охранников.
Южная часть комплекса лежит в основном под культурным слоем. До конца неясно, какие здания были в этой части крепости, и какое назначение они выполняли.