Die Festung wurde von Khan Muhammad Amin in Auftrag gegeben, der das Chiwa Khanat von 1845 bis 1855 regierte. Unter seiner Herrschaft wurde diverse Bauprojekte fertiggestellt; andere Vorhaben, wie z. B. das Minarett Kalta Minor, welches sich direkt neben der Muhammad Amin Khan-Medrese befindet und das höchste Minarett der islamischen Welt hätte werden sollen, wurden nach dem Tod des Herrschers nicht weitergebaut.
Die Muhammad Amin Khan-Medrese ist die grösste Medrese von Chiwa mit einer Fläche von rund 78 mal 60 Meter und bot Platz für bis zu 260 Schüler. In der damals wirtschaftlich schwierigen Zeit wollte der Khan mit der Grösse und Pracht ein Zeichen setzen. Um dieses Ziel zu erreichen wurde kein Aufwand gescheut; aufgrund des knappen Platzes wurde sogar ein kleiner Teil der Stadtmauer zerstört, damit das Gebäude gebaut werden konnte.
Die Medrese ist im klassischen Stil aufgebaut, mit einem Hauptportal, das von zweistöckigen Zellflügeln flankiert ist. Die Aussenmauern werden von kleinen Türmen abgeschlossen. Der beinahe quadratische Innenhof wird von den Zellen umgeben, die auf zwei Stockwerken verteilt sind. Auf allen vier Seiten befinden sich Iwane in der Mitte. Die Ecken des Hofes sind abgeflacht; dort befinden sich die Treppen, um ins Obergeschoss zu kommen.
Neben den Zellen gab es auch eine kleine Moschee mit einer Kuppel. Von dort führt eine kurze Brücke zum Eingang des Kalta Minor-Minaretts. Des Weiteren gab es Unterrichtsräume, eine Bibliothek und einen islamischen Gerichtshof, wo bis zur russischen Invasion Recht gesprochen wurde.
Die Medrese ist ausserordentlich schön dekoriert; sowohl das Eingangsportal, wie auch die Giebelfelder der einzelnen Zellen sind mit Majolika in Blau und Weiss verziert. Die Ecktürme haben einige Schmuckbänder aus glasierten Kacheln sowie reich dekorierte Spitzen. Dort dominiert das für Chiwa typische Blaugrün.
Die Hauptfassade zeigt nach Norden, was es für Fotografen schwierig macht, Bilder bei guten Lichtverhältnissen zu schiessen. Fast den gesamten Tag liegt die Fassade im Schatten, einzig in den frühen Morgenstunden fällt ein bisschen Sonnenlicht auf die Front.
In der Endphase der Sowjetunion wurde die Medrese in ein Hotel umgewandelt, welches heute Orient Star Chiwa heisst. Dies stellt sicher, dass die Medrese in gutem Zustand gehalten wird. Gleichzeitig bedeutet es aber auch, dass nur gewisse Teile für den allgemeinen Besucher geöffnet sind, während anderer Teile den Hotelgästen vorbehalten bleiben.